Secara Geografis Desa Babakan berada di wilayah sebelah selatan dari ibu kota Kecamatan. Dalam proses sejarahnya Desa Babakan merupakan Desa Pemekaran dari Desa Citepus Kecamatan Jeruklegi yang waktu itu wilayah Bloknya Dusun/Grumbul Babakan.
Diprakarsai oleh Para Tokoh Masyaraka dan Tokoh Agama yang berawal pada tanggal…………berdasarkan kriteria dan pesyaratan untuk menjadi desa, persiapan akan diadakannya musyawarah besar-besaran yang dilaksanakan di Kecamatan Jeruklegi sebagai Cikal Bakal dari Pemekaran Desa Babakan. Pada saat itu sehingga terbitlah Surat Keputusan Bupati dengan nomor :………….. tanggal……….. tentang Penetapan Desa persiapan yang sudah diberi nama “DESA BABAKAN”.